Llamada así por ser la biblioteca personal de Marcelino Menéndez Pelayo, el gran intelectual español de finales del siglo XIX y principios del XX. Su colección responde a las inquietudes investigadoras de un especialista en Humanidades, Bibliografía y Pensamiento histórico y literario. En su testamento la donó, junto con el edificio con jardín en que se hallaba, a la ciudad de Santander. También dejó dispuesto que a partir de su muerte (ocurrida en 1912) no se incluyeran nuevos fondos.

La Casa – Museo de Menéndez Pelayo fue construida en 1876 y habitada desde entonces por la familia de don Marcelino. Años después de la muerte del erudito, en 1912, se abrió al público conservando algunos muebles y enseres en el mismo lugar.

Actualmente ambas se encuentran cerradas al público debido a las obras de rehabilitación que afectan a todo el recinto.